明永乐五年，明成祖朱棣降旨保护伊斯兰教，他颁发的保护穆斯林和清净寺的《敕谕》碑刻，至今完好无损地嵌置于泉州清净寺北墙壁上。永乐十五年，钦差总兵太监郑和第五次下西洋来泉州时，曾到清净寺礼拜和往灵山圣墓做“都哇”，穆斯林处境有所好转，泉州的一些穆斯林开始返回城里，定居于清真寺旁。（)