质粒pHUBI DNA是双链环状,长5.7kb(5.7×103个碱基对)。这个质粒带有某基因,它的蛋白质产物使宿主细菌对四环素具有抗性(Tet-r)。该DNA对下列每种限制酶具有一个识别位点:EcoRI、HpaI、BamHI、PstI、SalI、BglII。在BarnHI和SalI位点处克隆会破环四环素抗性;在其他酶的位点处克隆则保留四环素抗性。用各种限制酶以及酶混合物消化可得到如表16-2-11所列的DNA片段。试在pHUBIDNA图上标出所有这些酶的切点。将DNA图画成环形,在圆周上以5.7kb总长标出刻度。
表16-2-11 | |
酶混合物 | 片段长度(kb) |
EcoRI EcoRI,BamHI EcoRI,HpaI EcoRI,SalI EcoRI,BglII EcoRI,PstI PstI,BglII BglII,HpaI | 5.7 0.4,5.3 0.5,5.2 0.7,5.0 1.1,4.6 2.4,3.3 1.3,4.4 0.6,5.1 |
人类基因组DNA经过Sau3A(G↓ATC)部分酶切后,连接到载体pCU999的BamHⅠ位点上 (G↓GATCC)。BamHⅠ位于多克隆位点的SalⅠ和NotⅠ之间,二者距离20 bp。 (1)从文库中分离出某克隆(克隆1),分别用NotⅠ(N)、SalⅠ(S)或SalⅠ十NotⅠ(S十N)酶切后,电泳分离并用EB染色。DNA转移到膜上后,用载体上的DNA作为探针进行杂交,结果如下图所示:
假设同源序列50 bp以下则无杂交信号。在此基因组DNA上标上所有的SalⅠ和NotⅠ位点,标明酶切位点间距离。 (2)从同样的文库中分离到带有重叠片段的克隆(克隆2),用同样的酶切、电泳、转膜后,以克隆1的DNA为探针(包括基因组DNA和载体DNA)进行southern杂交,结果如下图所示:
画出克隆2的图,标明所有SalⅠ和NotⅠ位点及位点间距离。 (3)所有的人类基因组DNA都用SalⅠ酶切,并用来自于克隆1或克隆2的DNA为探针作Southern杂交,结果如下图所示:
其中6个SalⅠ切点的位置可以用以上的结果来确定。请画出这一区域的SalⅠ位点图。
从正常细胞和反转录病毒(不含癌基因)感染的细胞(克隆1)中,分别分离出DNA,用限制酶酶切后做电泳并转膜。以某原癌基因的cDNA作探针进行杂交,结果如下图所示:
反转录病毒插入位置在哪里?
A.通过DNA连锁分析确定待分离基因在染色体上的大概位置
B.进行分子杂交,定位基因在染色体上的具体位置
C.研究该区域内的已知基因、ORF、EST或cDNA片段,确定进一步研究对象
D.通过cDNA筛选、外显子捕获或物理捕获法在该区域内寻找和鉴定基因
E.对找到的“基因”的核苷酸序列进行分析,推测其功能
用一个已从拟南芥克隆的基因作为放射性标记探针,与经过3种不同限制性内切酶处理的卷心菜(同科)DNA样品进行杂交。酶1处理的情况下显示出3条带,酶2处理后有1条带,酶3处理后有2条带。如何解释这一结果?