Roberts等研究了酵母U6snRNA基因的转录(Roberts.S.,Colbert,T.和HadnS.(1995)Gene.Dev.9,832-842)。该基因有一个上游的TATA框,一个内部的微弱的A框,以及远下游的一个相同的B框。在体外试验中,RNA聚合酶Ⅱ和RNA聚合酶Ⅲ都可以转录该基因。在体内,该基因可由RNA聚合酶Ⅲ介导转录而不能由RNA聚合酶Ⅱ转录。如何确定该启动子的聚合酶特异性?
导致嗜睡症的微生物锥虫,能改变其表面糖蛋白壳,从而避开宿主的免疫性防御。你现正在研究可变的表面糖蛋白(VSG)的合成,已把编码基因定位于某个染色体的近端粒处。然而你还未能将启动子定位,实验表明它可能与VSG基因相距几千个核苷酸。一个老朋友建议你利用紫外线辐射来给启动子定位,他曾经成功地用这项技术定位腺病毒转录单元。因为RNA聚合酶转录时不能通过嘧啶二聚体(紫外线辐射造成的损伤),转录过程对紫外线的敏感性可用来测定转录起始点与转录区间的距离。由于没有其他方法可选,于是你决定试一试。
你采用核糖体RNA基因的转录来检验系统。5SRNA转录单位略多于100个核苷酸,而18S、5.8S和28S和28SRNA是一个8kb长转录单元的一部分。将锥虫置于逐渐增强的紫外线照射下,分离出核,与32P-dNTP温育。接着从核中分离出RNA,将之与5SRNA和核糖体转录单元和部分克隆出的DNA杂交。以每个位点上数目的对数对紫外剂量作图,得到一条直线,直线的斜率与杂交探针距启动子的距离成比例。用来自VSG基因开始区域的探针重复这个实验,发现对VSG基因和核糖体转录单元的探针4而言,前者转录被抑制的速度较后者快7倍。
有两个模型可以解释染色质中的基因是如何被转录的。优先模型(preemptive model)中,转录因子和RNA聚合酶是如何与启动子结合的?为什么在动态模型中需要ATP?